一般社団法人MSPOは高度な医療安全を推進するために、研究開発ならびに教育研修を展開する。その目的を達成するために、下記のような2部門織構成を有する。
各部門には担当役員会を設置し、活動指針、規則および細目などの内規を策定・保有する。

(経営戦略本部)
　　機能: 運営方法、各ミッションの策定、財務基盤の検討
　　　　本部長:　酒井亮二理事長
　　　　室長:　飛田結実　tobita.yumi@mspo.org
　　下部組織:
　　　　国際連携推進部
　　　　産官学連携推進部
　　　　情報管理部
　　　　　　室長:　飛田結実　tobita.yumi@mspo.org
　　　　　　顧問:　酒井亮二理事長

(管理部)
　　機能: 資源配分方法の標準化と広報に関する提言と監視、ならびに実施
　　　　室長:　飛田結実　tobita.yumi@mspo.org
　　　　参与:　四柳宏理事
　　　　職員:　若干名
　　下部組織:
　　　　総務　　人事、給与・福利厚生、資材管理など
　　　　広報
　　　　経理　　下田会計事務所と契約
　　　　　　　　（住所：埼玉県川越市）

(研究開発推進本部)
　　機能: プログラム立案策定・審査、標準的実施方法の策定
　　　　本部長:　深山正久顧問
　　　　参与:　四柳宏理事
　　下部組織:
　　　　MSPO研究所　 所長:唐木英明顧問

(教育研修推進本部)
　　機能: プログラム立案・策定
　　　　本部長:　出江紳一理事
　　　　参与:　四柳宏理事

(顧問、第三者評価委員会) 理事会の議を経て、諮問する。

一般社団法人MSPO内部における職員は以下の身分としています。(なお、外部からの人材の身分は「産官学連携の項」に掲載している特任教授、客員教授、客員エグゼクティブフェロー、客員シニアフェロー、客員リサーチフェロです。)

理事、名誉フェロー、顧問、教授、准教授、講師、エグゼクティブフェロー、シニアフェロー、リサーチフェロー、室長、職員、他

それぞれの身分には、別途に定める専門的な資格条件があり、それ基づいて経営戦略本部で審査されます。これらの人材登用は、本機構の経営戦略本部ないし管理部で行います。